《条例》明确了政府及相关职能部门的职责，明确了集中式饮用水源水质保护和分散式饮用水源水质保护的监督、监测、巡查、水质信息发布等管理职责。此外，饮用水源地生态补偿机制、水源地检测要求、供水企业职责和现场检查等监督管理措施也得到进一步明确。

《条例》禁止在饮用水源保护区内设置下列项目：新建、改建、扩建有毒有害排污项目，已建项目由本级人民政府责令停止。此外，对威胁饮用水源、在饮用水源保护区和准保护区范围内的公路、桥梁及桥墩采取相应的隔离防护措施和应急处置设施，防止运输油类、危险化学物品的车辆或者船舶发生事故污染饮用水源。如任何单位和个人在饮用水源一级保护区内从事网箱养殖或者组织进行旅游、垂钓或者其他可能污染饮用水水体活动的，最高可罚10万元。

《条例》规定，各级人民政府对本行政区域内饮用水源水质保护工作负责，将饮用水源水质保护情况纳入政府环境保护责任考核范围，实行饮用水源保护行政首长负责制。县级以上人民政府须制定本行政区域内饮用水源保护规划和具体措施，并组织实施。